PCR儀準確的講包括實時熒光定量PCR儀在內都沒有自動加樣和標本處理系統，只能算半自動的。PCR儀簡單的說包括溫控設備和檢測設備。
一、關于溫控
主要是介質問題。理想的介質是導熱性好、比熱大、接觸緊密。這方面好的是水浴和油浴，比熱大（油比水更大）、溶劑化物體，與反應物無縫接觸，效果當然好。但是自動化，小型化難，只有初的水浴鍋式使用。
1、硅加熱
這是使用普遍的一種，優點：易自動化、速度快、直接加熱降溫，效果當然好，但是*成本較高，第二其使用的介質是金屬，導熱雖然好，但是與反應管，很難做到無縫接觸，定性時代可以加油，但用熒光定，由于油有熒光信號不能用。所以在無縫接觸上差一些。第三由于是底部加熱，下部壓力較大，有溢出的可能，不過新的儀器在加熱蓋以后解決了這個問題。
2、空氣加熱
用空氣做介質有優點，與反應體系無縫接觸，但是空氣的導熱性差、比熱小的弱點明顯。因此空氣加熱的要利用離心來產生空氣流動，增強導熱性，同時使用毛細管，加大接觸面積、試劑微量化來彌補。這樣做了以后效果還是不錯。但有的廠商把什么離心、毛細管的好處大講特講，對氣加熱的弱點閉口不談，卻是高明的市場手法。同時，使用離心，對標本量增大是有影響的并且標本量越大，空氣比熱小的弱點就越明顯，所以空所加熱的儀器標本量都比較小。使用毛細管后由于反應液與管的接觸面積增大，吸附現象更大，因此試劑的通用性差一般要專門開發，成本高，雖然試劑用量少，但因為是試劑，每人份就是以實際量算，并不省試劑。反而增加了毛細管成本。
二、關于功能
所有的PCR儀功能都大體相同。只有MJ孔間能使用不同溫度比較*，這對于多項目同時檢測以及循環參數的調整比較有用。但其實時熒光的儀器剛進入中國不久，具體如何還不得而知。
三、關于選購
根據單位情況而定，關于進口儀器，
羅氏PCR儀不錯。另外，每個標本要分攤的標準曲線、對照成本太高。同時，試劑也比較受限。
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