熒光定量PCR儀以參照物為標準，對PCR終產物進行分析或對PCR過程進行監測，從而達到評估樣本中靶基因的拷貝數，稱為定量PCR。定量PCR的可行性定量一般是在PCR擴增的指數期進行的。
　　PCR是對原始待測模板核酸的一個擴增過程，任何干擾PCR指數擴增的因素都會影響擴增產物的量，使得PCR擴增終產物的數量與原始模板數量之間沒有一個固定的比例關系，通過檢測擴增終產物很難對原始模板進行準確定量。近年來研究人員通過大量的實踐，研究了相對準確的定量PCR方法，即熒光定量PCR儀的熒光定量PCR。
　　PCR擴增通式：
　　1.Tn=T0（1+E）n；
　　2.Tn=Tn-1（1+E）n。
　　注：其中E表示擴增效率，n為循環數，Tn表示在n個周期后PCR產物的數量，Tn-1表示在n-1個周期后PCR產物的數量，T0為原始模板數量。設定PCR到達指數擴增期時，產生一定的熒光高于背景為儀器所識別，此時的循環數為CP,也就是K=T0（1+E）CP，取對數即：
　　lg K=lg T0+CP*lg(1+E)；
　　CP=-1/lg(1+E)*lg T0+lgk/lg(1+E)。
　　由于對一特定的PCR而言，E與K均為常數，故上式為循環數（CP）對原始模板拷貝數的對數（lg T0）一次方程，其標準形式y=kx+b,該直線的斜率為-1/lg(1+E)，在橫坐標上的截距為lgk/lg(1+E)，也是熒光定量PCR儀所謂的標準曲線。