實時熒光定量PCR儀應用廣泛，包括基于相對定量分析的基因表達分析，以標準曲線為基礎的病原體定量分析，定性的PCR擴增后核酸序列的SNP基因型分析，以及以陽性內對照為基礎的陽性/陰性結果判定。
　　實時熒光定量PCR儀系統軟件采用微軟操作系統，進行儀器控制，數據收集和數據分析，軟件功能強大，界面友好，包括如下特色：
　　·反應板設置指南，使實驗設計非常簡單，即使是復雜的多重定量實驗也是如此；
　　·擴增反應曲線的實時監測；
　　·自動設定熒光基線，自動計算熒光閾值使實驗結果分析大大簡化；
　　·采用標準曲線進行靶基因的定量；
　　·基因表達相對定量軟件提供強大的結果分析顯示，自動去除無關項數據；
　　·自動SNP分型軟件以直觀的圖表輸出分型結果并自動進行分型質量評分；
　　·解離曲線數據采集操作簡單觀察方便，可以在儀器運行時觀察解離曲線數據；
　　·觀察實時擴增曲線時可以非常方便的標定所對應的樣品孔位置；
　　·光源使用時間監測及儀器系統自我診斷程序。