熒光定量PCR早稱TaqMan PCR，后來也叫Real-Time PCR，是一種新的核酸定量技術。該技術是在常規PCR基礎上加入熒光標記探針或相應的熒光染料來實現其定量功能的。其原理： 隨著PCR反應的進行，PCR反應產物不斷累計，熒光信號強度也等比例增加。每經過一個循環，收集一個熒光強度信號，這樣我們就可以通過熒光強度變化監測 產物量的變化，從而得到一條熒光擴增曲線圖。
一般而言，熒光擴增曲線可以分成三個階段：熒光背景信號階段，熒光信號指數擴增階段和平臺期。在熒光背景信號階段，擴增的熒光信號被熒光背景信號所掩蓋， 無法判斷產物量的變化。而在平臺期，擴增產物已不再呈指數級的增加，PCR 的終產物量與起始模板量之間沒有線性關系，根據終的 PCR 產物量也不能計算出起始 DNA 拷貝數。只有在熒光信號指數擴增階段， PCR產物量的對數值與起始模板量之間存在線性關系，可以選擇在這個階段進行定量分析。為了定量和比較的方便，在實時熒光定量PCR技術中引入了兩個非常重要的概念：熒光閾值和 CT值。
羅氏480定量PCR儀代理下面做簡單介紹：
1、熒光域值（threshold）
是在熒光擴增曲線上人為設定的一個值，它可以設定在熒光信號指數擴增階段任意位置上，但一般熒光域值的缺省設置是PCR反應前3-15個循環熒光信號標準偏差的10倍，即：threshold。
2、Ct 值：是指每個反應管內的熒光信號到達設定域值時所經歷的循環數。
3、Ct值與起始模板的關系：
研究表明，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，其中橫坐 標代表起始拷貝數的對數，縱坐標代表Ct值如下圖所示。因此，只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。
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