使用BD流式細胞儀分析的主要目的在于區分細胞對于檢測指標是陽性還是陰性，或計算陽性細胞與陰性細胞的比例。這就需要準確的儀器設置及良好的實驗重復性，分析時運用恰當對照及分析方法。各種不同的流式細胞儀實驗需要不同的陰性對照，因而也是一些爭論及討論的焦點。

　　在BD流式細胞儀實驗中為基礎的問題是哪些染色的細胞是陽性或陰性，或對于某一標志物陽性細胞或陰性細胞的比例是多少。要回答這個問題需要仔細調節儀器并使用對照品。

　　首先，探測器的增益需調節準確從而獲得佳的靈敏度，熒光補償必須設置正確，從而避免出現虛假或不必要的錯誤結果。

　　第二，對于沒有明顯雙峰分布（陽性峰）的樣本，需要做設門對照。在某些情況下，生物比較樣本（如未刺激的細胞）可提供佳的設門對照來決定細胞陽性范圍。在某些不可能獲得生物比較樣本的情況下，可使用同型對照或FMO對照。以上這些并不是所有的選擇，選擇何種方式取決于是熒光滲漏或抗體非特異性結合對實驗的影響大小。初，可通過檢測多種對照來決定哪一個更適合于定義陽性、陰性界線。在任何實驗中都須避免因為沒有充分考慮而使用不恰當的對照品。堅持使用經實驗證明的設門方法將有助于標準化BD流式細胞儀分析項目來解答重要的臨床問題。