定量PCR儀針對一些感染性疾病的藥物，如各種病毒病、細菌病等，在新藥的開發過程中，快速了解藥物對疾病進程的影響可以為新藥開發節約大量的人力、時間和資金，與以前所用的Elisa等方法相比，實時熒光定量PCR技術可以快速、準確、定量、靈敏地測定血液或組織中病原體的含量，因此有利用分析藥物的作用效果，為比較不同的配方的療效、用藥量、用藥時間等等提供快速、定量的評價。
　　此方法除了用于人用藥物以外，還可以用于畜用藥物，甚至其他經濟動物及植物的藥物研究等，因此其在藥物研究方面的應用范圍是很廣的。
　　實時熒光定量PCR儀的方法測定是血液中病毒核酸的含量，因此不必等到病人體內產生抗體，同時，由于其靈敏度與Elisa相比不可同日而語，在病毒感染的早期，即血液中病毒含量很低時就可以測定。因此就出現了一個新的領域，即在病毒或細菌含量很低時如何用藥，用什么藥以及用藥量等進行研究，為將疾病消滅在超早期作出貢獻。
　　現有的很多診斷及檢驗方法都不能同時滿足快速、靈敏、定量的要求如現有培養法、Elisa法等等，而定量PCR儀的方法以則可以做到這一點，從而可為臨床疾病、商檢、糧油檢驗、食品檢驗、血液檢驗等等開發新的試劑，從而提高檢驗的靈敏度、速度及準確性等；這類試劑的種類是非常多的，所開發的試劑的社會效益及經濟效益都是很巨大的。
　　由于定量PCR儀的方法的快速、靈敏、定量的特點，其在研究及開發方面的應用是不勝枚舉的，如研究個人基因型與藥物療效之間的關系等；研究人員也可以根據自已研究項目開發其新的用途。