等離子處理每秒只能穿透幾個納米的厚度，所以污染層不能太厚。指紋也適用。

金屬氧化物會與處理氣體發生化學反應，這種處理要采用氫氣或者氫氣與氬氣的混合物。有時也采用兩步處理工藝。

       *步先用氧氣氧化表面5分鐘，第二步用氫氣和氬氣的混合物去除氧化層。也可以同時用幾種氣體進行處理。好的鍵合常常被電鍍、粘合、焊接操作時的殘留物削弱，這些殘留物能夠通過等離子方法有選擇地去除。同時氧化層對鍵合的質量也是有害的，也需要進行等離子清潔。塑料、玻璃、陶瓷與聚丙烯、PTFE一樣是沒有極性的，因此這些材料在印刷、粘合、涂覆前要進行處理。

        同時，玻璃和陶瓷表面的輕微金屬污染也可以用等離子方法清潔。等離子處理與灼燒處理相比不會損害樣品。同時還可以十分均勻地處理整個表面，不會產生有毒煙氣，中空和帶縫隙的樣品也可以處理。