熱啟動熒光定量PCR儀是除了好的引物設計之外，提高PCR特異性重要的方法之一。盡管Taq DNA聚合酶的佳延伸溫度在72℃，聚合酶在室溫仍然有活性。因此，在進行PCR反應配制過程中，以及在熱循環剛開始，保溫溫度低于退火溫度時會產生非特異性的產物。這些非特異性產物一旦形成，就會被有效擴增。在用于引物設計的位點因為遺傳元件的定位而受*，如定點突變、表達克隆或用于DNA工程的遺傳元件的構建和操作，熱啟動PCR尤為有效。
　　限制Taq DNA聚合酶活性的常用方法是在冰上配制PCR反應液，并將其置于預熱的熒光定量PCR儀。這種方法簡單便宜，但并不能*抑制酶的活性，因此并不能*消除非特異性產物的擴增。
　　熱啟動通過抑制一種基本成分延遲DNA合成，直到熒光定量PCR儀達到變性溫度。包括延緩加入Taq DNA聚合酶在內的大部分手工熱啟動方法十分煩瑣，尤其是對高通量應用。其他的熱啟動方法使用蠟防護層將一種基本成分，如鎂離子或酶，包裹起來，或者將反應成分，如模板和緩沖液，物理地隔離開。在熱循環時，因蠟熔化而把各種成分釋放出來并混合在一起。類似手動熱啟動方法一樣，蠟防護層法比較煩瑣，易于污染，不適用于于高通量應用。
　　Transitor®Hot Start Taq酶對于自動熱啟動PCR來說可靠。Transitor®Hot Start Taq是在常規Taq酶的基礎上進行了化學修飾，使得該酶在低溫或常溫下沒有酶活，因此在加樣至PCR擴增前，不會產生由于引物隨機粘連而形成的非特異性擴增。高溫條件下，化學修飾集團會被剪切，從而釋放酶活。此外，隨著熒光定量PCR儀擴增的進行，酶活會被逐步釋放，有效提高擴增效率及產物量。Transitor®Hot Start Taq DNA聚合酶在變性步驟的95℃保溫過程中要持續20分鐘才會被釋放到反應中，從而*恢復聚合酶活性。