熒光定量PCR儀分析PCR技術又稱聚合酶鏈反應技術，是一種在體外擴增核酸的技術。該技術模擬體內天然DNA的復制過程。其基本原理是在模板、引物、4種dNTP和賴熱DNA聚合酶存在的條件下，特異擴增位于兩段已知序列之間的DNA區段的酶促合成反應。每一循環包括高溫變性、低溫退火、中溫延伸三步反應。每一循環的產物作為下一個循環的模板，如此循環30次，介于兩個引物之間的新生DNA片段理論上達到230拷貝。PCR技術的特異性取決于引物與模板結合的特異性。
高溫DNA聚合酶是以單鏈DNA或RNA為模板，在dNTP和一些陽離子的存在情況下，在特定的引物指導下按3'-5'方向合成DNA.包括3種類型：
1.5'-3'方向的DNA合成能力,沒有3'-5'方向的外切酶特性.如Taq及其突變體.這類酶的合成能力強,因為他不糾正合成中出現的突變；
2.與1類似,有合成活性,沒有3-5的外切活性.但他們能以RNA為模板,合成DNA.如Tth DNA聚合酶；
3.有DNA聚合活性,沒有逆轉錄活性,但有3-5方向的外切酶活性。但是這些聚合酶的產量比Taq DNA聚合酶低。
將Taq DNA聚合酶同帶有3'到5'外切核酸酶活性第二種聚合酶混合在一起可以獲得比單獨Taq DNA聚合酶高的忠實性，并可以得到高產量及擴增長模板。
熒光定量PCR儀解釋除了酶，高濃度的dNTP或鎂離子會降低忠實性。將dNTP的濃度從200μM降低到25-50μM可以增加度如果四種核苷的濃度不同，忠實性會受影響。進行較少的PCR循環也會有助于增加忠實性，因為增加循環數目和產物長度就會增加突變可能性。
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