熒光定量PCR儀的PCR技術擴增時引物與己提供DNA雙鏈有何關系？單鏈DNA在互補寡聚核苷酸片段的引導下，可以利用DNA聚合酶按5’→3’方向復制出互補DNA。這時單鏈DNA稱為模板DNA，寡聚核苷酸片段稱為引物，合成的互補DNA稱為產物DNA。雙鏈DNA分子經高溫變性后成為兩條單鏈DNA，它們都可作為單鏈模板DNA，在相應的引物引導下，用DNA聚合酶復制出產物DNA。PCR反應應用以上的基本過程，分別在待復制的已知序列DNA分子兩端各設計一條引物，其中在DNA 5’端的引物（Pl）對應于上鏈DNA單鏈的序列，3’端的引物（P2）對應于下鏈DNA單鏈的序列，Pl和P2按5’→3’方向相向配置。在含有引物、DNA合成底物dNTPs的緩沖液中，通過高溫變性，使雙鏈DNA變成單鏈DNA模板，降低溫度復性，使引物與模板DNA配對，利用DNA聚合酶便可合成產物DNA。引物和dNTPs過量，則在同一反應體系中可重復高溫變性、低溫復性和DNA合成這一循環，使產物DNA重復合成，并且在重復過程中，前一循環的產物DNA可作為后一循環的模板DNA參與DNA的合成，使產物DNA的量按2n方式擴增，所以這一反應稱為聚合酶鏈式擴增反應。理論上如果引物及dNTP的量能夠滿足，則這一過程可無限重復，使模板DNA無限擴增。
　　熒光定量PCR儀反應使幾個DNA模板分子通過數小時擴增后增加到百萬倍以上，因此能用微量樣品獲取目的基因，同時也完成了基因在體外的克隆，成為分子生物學及基因工程中極為有用的研究手段。另外在醫學研究和醫療診斷中亦體現出很大的應用價值。
　　常規PCR反應用于已知DNA序列的擴增，反應循環數為25～35，變性溫度為94℃，復性溫度為37℃～55℃，合成延伸溫度為72℃，DNA聚合酶為Taq酶，DNA擴增倍數為106～109。
　　引物的設計在熒光定量PCR儀反應中極為重要。要保證PCR反應能準確、特異、有效地對模板DNA進行擴增，由于影響引物的設計的因素比較多，所以常常利用計算機來輔助設計。