定量PCR儀的循環參數修改方法刪除：按住Shift鍵并在相應的Stage或Step中點擊，使該步驟被選中變黑，再按Del鍵即可刪除。
　　插入：在需要插入參數的位置點擊，出現粗黑豎線后，分別點擊Add Hold、Add Cycle或Add Step按鈕添加保溫、循環或循環中的一個步驟。
　　修改溫度和時間：拖動鼠標，選中需要修改的溫度或時間數字，輸入新的數值即可。
　　其他設置反應體積：定量PCR儀的標準反應體積是50µL；如果想修改的話，建議大于25µL。
　　融解曲線試驗：在Dissociation Protocol選項左邊的方框中打鉤，儀器即在定量PCR儀循環完成后繼續做融解曲線試驗。
　　啟動擴增點Save按鈕保存文件設置。確認96孔板或全部樣品管在主機內放置妥當后，點擊Start按鈕，開始PCR循環。屏幕上動態顯示PCR進程和剩余時間。
　　監控進程切換到Results頁面的Amp Plot子頁面，可以實時顯示PCR曲線隨著循環增加而逐步增長的實際情況。如果Detector選FAM或VIC，只顯示對應探針的變化情況；如果選All，則同時顯示所有探針的反應進程。
　　保存結果程序結束后，點Disconnect按鈕，然后File→Save保存實驗結果。可以保存為.sds格式，也可以保存為.sdt格式，作為以后同類實驗的模板，節省軟件設置時間。